Gegründet wurde die HSL Logistik GmbH in Hamburg im Jahre 2003 von einem privaten Bahn-Unternehmer. Die ersten Aktivitäten waren u.a. die Gestellung von Fachpersonal für den Betrieb von Eisenbahnen. 2004 erhielt die HSL von der Freien Hansestadt Hamburg eine EVU-Lizenz für den Betrieb von Güter- und Personenbahnen. Das war der Beginn, um Bauzugverkehre und Rangierdienstleistungen anzubieten.